Bueno, en realidad no entiendo la pregunta:
Winnt no trabaja con Fat32!
para instalar Nt se requiere que la primera particion sea Fat16 (luego convertirla a NTFS) y esta debe estar activa.
Ahora si tienes una pc con doble boot, con disco de varias particiones, la primera particion debe ser fat16 (por ejemplo win9x y winnt) las demas particiones pueden ser NTFS.
entonces cuando arranques con el WINNT en esta pc con doble boot, formatea un diskette y copia los archivos del sistema: boot.ini, bootsec.dos, etc, este diskette debe reconocer ambas particiones.
Bueno, espero haberte ayudado.