SQL - Problema con iif

Hola a todos agradezco que ayan respondido a la pregunta anterior, tengo otro problema grave dentro de la clausula where tengo el siguiente codigo

" And Iif(R.TipoCpte = 'F' Or R.TipoCpte = 'C',R.NroCpte = F.NroCpte,R.NroCpte = F.NotaPedido) " & _

que se traduce que en el caso de que R.TipoCpte = 'F' Or R.TipoCpte sea verdadero asocio las tablas de esta forma R.NroCpte = F.NroCpte caso contrario R.NroCpte = F.NotaPedido

como puedo hacer en sql esto, lo eh probado con case when then end pero no me funciona. desde ya muchas gracias

¿Es SQL Server?

--METELO EN LA PARTE DE LA SELECT NO EN LA WHERE
case when R.TipoCpte = 'F' then F.NroCpte
when R.TipoCpte = 'C' then F.NroCpte
else F.NotaPedido
end as CAMPO_SALIDA