SQL - Como puede ser que en el query analyzer responda y dentro de un stored no?

Tengo dos selects anidados por un union, en el query analyzer tarda 5 minutos en devolver los datos. En un stored el mismo query llega a 20 minutos y no termina. Como puede ser que en el query analyzer responda y dentro de un stored no?

"Toda columna despues del WHERE es suceptible de ser INDICE", verifique esta recomendacion.