Python - Version de python

Yo tengo instalados 2 python: 2.x y 3.x.

Hoy día recién me di cuenta que mis proyectos en 3.x, al cerrarlos, pasan automáticamente a 2.x (mas específicamente 2.7.13).

¿La solución es quedarme con solo una de las versiones? o ¿Puede ser otra cosa?

Hola Javier, no se entiende esto que comentas de que pasa de la versión 3 a la versión 2...
Puedes tener las dos versiones sin ningún problema... croe que todos los que desarrollamos en Python las tenemos.

Hago un nuevo proyecto en 3.x lo ejecuto y todo. Al cerrarlo y volver abrir automaticamente se transforma a version 2.x.

Estás cometiendo un error enorme, no se transforma! el codigo sigue siendo de python3, lo ejecuta porque en este caso son compatibles.
Lo que debes tener es el interprete de 2.7 por defecto, es decir es el primero que busca.
Ahora, como estás aprendiendo, te recomiendo que descartes 2.7 es una versión que ya no se usa, salvo los grandes proyectos que les costaría migrar a 3.x.