PHP - DMS validación de pedidos.

Os explico:
Recibimos pedidos por fax o e-mail que imprimimos a pdf.
La recepcionista los aloja en una carpeta del servidor llamada entradas.
En administración, tres personas se reparten la validación de los pedidos, así es que cada uno tiene una subcarpeta dónde nueve unos cuantos para que los otros dos no puedan acceder a ellos.
La validación consiste en firmar (usan Quick sign) el pdf, anotando nombre fiscal del cliente, número en nuestro sistema y fecha.
Una vez validado lo pasan a la carpeta de logística, que tiene otras tres subcarpetas, dónde el personal de logística se reparte los pedidos.
Introducen el pedido en el sistema y con Quick sign escriben el número de pedido que les ha asignado el sistema y la fecha en la que lo han introducido.
Una vez hecho esto, pasan el pdf a otra carpeta donde se alojan los pedidos ya servidos, para temas de auditoria.
Ventajas: En cualquier momento del proceso, alguien puede saber quién validó el pedido y quién lo introdujo en el sistema.
Inconvenientes, al mover el archivo a toque de ratón en alguna ocasión se ha colado algún pedido en otra carpeta y nos hemos dado cuenta cuando el cliente ha llamado reclamando su mercancía.
Bien, este rudimentario sistema eliminó el papel y ya fue un avance considerable. El ahorro en papel, toner y tinta del fax fue importante. El día que viene una auditoría, se le imprimen los documentos oportunos y todo queda limpio. Quick sign pide clave e imprime un logo asociado al firmante, luego así demostramos que valida alguien autorizado.
Pero en este momento no podemos permitirnos extraviar un pedido.
Creo que necesitamos un DMS (document management software). He estado mirando OpenKM, Alfresco, OpenDocman y algún otro, pero todos se basan en los sistemas de calidad, es decir, puedes controlar las versiones de los documentos, validar que los has leído, descargártelos, etc. pero no firmarlos. (habría que descargarlos, firmarlos y subirlos de nuevo, como una nueva versión).
Necesito que el pdf vaya firmado digitalmente, y que sea dinámico, es decir, que el usuario al firmarlo (tiene que guardarlo) se le guarde en la carpeta siguiente.
He pensado en que con php y una bd en mysql, puedo hacer un sistema que a través de formularios y consultas, el usuario pueda ver los pedidos pendientes, los que están en proceso y los que se han procesado. E incluso visualizar el pdf, pero no firmarlo, ni editarlo. Por editarlo no digo cambiarle nada, sino añadir texto en forma de comentarios, como cuando se hacía a mano.
¿Existe alguna API que me permita firmar un pdf? (podría ser tomar los datos de dos o tres campos de un formulario e incrustarlos en el pdf)

He encontrado lo que buscaba.
Hay una librería llamada pdflib, pero es de pago.
Hay dos gratuitas FPDF y TCPDF que aparentemente permiten manipular pdf's.
¿Alguien ha trabajado con alguna de ellas?

No conozco ninguna herramienta para php para gestionar archivos pdf, pero al leer tu mensaje, se me ha ocurrido, que puedes hacerlo de otra manera, que seguramente te sera mas sencilla.

La gestión de los pedidos, programas un simple código php, que leea la carpeta donde estan los archivos pdf, y los empleados que los gestionan, que lo hagan mediante web, de esta manera, tendrán acceso a visualizar todos los pdf's pendientes.

Cuando un empleado, haya gestionado un pedido, tendra que margar en la pagina web, que ese pedido que hace referencia a un pdf en concreto, ya esta gestionado. Luego desde php, puedes mover el archivo pdf, guardar un comentario en la base de datos que haya podido añadir el empleado, y sabrás que empleado a gestionado dicho pdf.

Una vez gestionado y guardado en la base de datos, simplemente mueves el archivo pdf a una carpeta como histórico.

Es una idea, espero que te sirva... ya nos comentaras, ok?

Básicamente quiero hacer eso, sí.
Pero necesitaría que se pudiera escribir en el pdf ya creado. Ahora hacemos una firma electrónica. Pero con una aplicación como tu dices quedaría mas o menso igual.
El usuario, el que sea, va a tener login y password.
Puedo hacer sesiones.
Puedo asociar un logo (un png de una rúbrica por ejemplo) a cada usuario.
Puedo tomar la fecha del sistema.
Al usuario le puedo pedir que rellene un par de campos de un form, mientras visualiza el pdf.
Al pulsar validar puedo cambiar el nombre del archivo a lo que me interese. Y moverlo a otra carpeta.
Pero debería poder escribir el logo asociado al usuario, y los campos que le he pedido al usuario que rellene. Eso es como una firma electrónica a efectos de las auditorias. Quiero decir, a la auditora se le muestra que un usuario registrado de administración ha validado el pedido, y que un usuario registrado de logística lo ha introducido en el sistema, que nombre de cliente, número de cliente, número de pedido, fechas e importes coinciden...

Te entiendo Pablo....

Yo desde php, no sabría hacerlo, pero si que puedes, desde php ejecutar una aplicación de Python que te lo realice... en Python existe la librería pyPdf (http://pybrary.net/pyPdf/) que si que te lo permite.

No se si te puede ser de ayuda.

Gracias de nuevo.
Llevo un par de días peleandome con esto. Hay una librería llamada FPDI que me permite cargar un fichero pdf y con FPDF escribir encima. Es justo lo que ando buscando.
Ahora mi problema son mis usuarios, que cada uno tiene una idea distinta.