MySQL - Consulta con 2 base de datos diferentes en MYSQL

Tengo la necesidad de hacer unas consultas, pero el problema que tengo es que son de dos bases de datos diferentes, y busco la forma de hacer las consultas.. y las tablas que manejo.... estan en diferentes bases de datos...

¿Y las bases están en el mismo servidor o en diferentes servidores?
Si están en el mismo servidor, no hay problema, solamente tienes que escribir el FROM en las sentencias haciendo mención de en qué base debe leerse. Recuerda que así como poner Tabla.Columna te permite definir una tabla en un JOIN, si a eso le agregas baseDeDatos.Tabla.Columna, accedes a una tabla determinada de una base de datos determinada.

RTFM!
Esto es una pregunta de manual: http://dev.mysql.com/doc/refman/5.0/es/index.html