Java - Diferencias al compilar.

Hola a todos,
no veo bien la diferencia entre compilar un fichero desde un API, por ejemplo JCreator.
o compilar desde el Símbolo del Sistema (javac archivo.java).

A su vez, no sé si hay diferencias al ejecutar desde el API o desde el Símbolo del Sistema (java archivo).

Sé que hace falta que exista dentro de una clase un método main porque será el que empezará ejecutando al invocar esa clase. Pero a su vez he visto que los servlets no tienen método main.

Alguna claridad al respecto? gracias.
O bien agradecería alguna URL donde informara al respecto.

Muchas gracias.
Alberto.

No hay diferencias. El IDE (API es otra cosa) simplemnte es un aambiente integrado donde pues editar, compilar y ejeuctar tu aplicacion. Si no tendrias que tener un editor, salir de el, compilar y luego ejecutar. El IDE simplemnte haces todo ese trabajo por ti, facilitandote las cosas.
Con java puedes productior varios tipos de "ejecutables". Aplicacion el cual como tu dices debe tener un metodo main, Los applets que son ejecutados dentro de un navegador y servlets que son ejecutados dentro de un servidor J2EE