HTML - Proteger direcctorios

Hola, mi pregunta es: cuando se accede a una web con acceso restringido, esta pidira nombre de usuario y password, bien el password se envia por el puerto 80?

Eso depende del protocolo que use tu servidor para establecer comunicación con el cliente, los datos se envian por el puerto 80 si el protocolo es HTTP y 443 si es HTTPS (Generalmente es así a menos que hayas configurado los puertos de otra forma) :-)