Linux - actualizacion de java

que tal quiero actualizar una version de java (jre 1.6) y yo tengo la 1.1.5.... como le puedo hacer para que a la hora de la instalacion del nuevo automaticamente quede ejecutable

Dependerá de cómo lo actualices, pero en general, si lo haces con el gestor de paquetes que utilices (uno para rpm o deb) deberían dejar la instalación completamente operativa.

Salu2