Windows - Inicio de los programas al arrancar

¿Saben en que parte de todo Windows (registro, archivos .ini, etc...) se pueden colocar la ruta de un programa para que se inicie al arrancar el ordenador, es que quiero saber si tengo un troyano, por que me resulta raro que windows por si solo cambie algunas cositas y antes que formatear, prefiero asegurarme?
Hasta ahora donde se es:
- Run, RunOnce, RunServices del registro en HKEY_CURRENT_USER, HKEY_LOCAL_MACHINE, HKEY_USERS.
- En el LOAD y RUN de Win.INI
- En la carpeta Inicio del menu Inicio\Programas

y todo esto usando Win ME, es para saber en cuantos lugares se puede colocar un troyano, y si hay alguna otra forma de ejecutar un troyano sin que este en los lugares anteriores, tambien me gustaria saberlo, ademas de saber si, al igual que se pueden ejecutar programas al iniciar windows, se pueden ejecutar al apagar windows.

Muchas gracias.

Faltaría el config.sys y autoexec.bat en tu lista pero estos archivos solo pueden arrancar programas de MS-DOS (aunque no deja de ser un peligro). Hay otro archivo también: el WININIT.INI, este archivo debe crearse explícitamente y contiene comandos de Windows que se ejecutarán justo después de cargar el DOS y justo antes de pasar a modo Windows durante el arranque y lo hace una sola vez. Al ejecutarse se muestra un mensaje que dice algo así:
"espere mientras se actualiza la configuración de su equipo, esto puede durar unos minutos..."
Se usa especialmente para eliminar archivos luego de desinstalar una aplicación.
Faltaría además la carpeta C:\WINDOWS\All Users\Menú Inicio\Programas\Inicio

Pues eso. Que muchas gracias.

Un saludo.

Tengo un programa ejecutandose y decido apagar el ordenador desde Inicio\Apagar.
Mientras se apaga el PC ¿se cierra la aplicacion de la misma forma que si yo la cerrara desde el boton cerrar? ¿o se cierra de la misma forma que si desconectara el suministro electrico al ordenador?

Siempre hablando de programas para Windows cuando Windows se está cerrando le envía un mensaje a todas las aplicaciones actualmente en ejecusión dando aviso de este evento, es responsabilidad de los programas cerrarse a sí mismos y notificar al SO de esto.
Cuando un programa está "colgado" no responde al SO y es allí que aveces Windows muestra "... la aplicación no responde" cuando se está cerrando.
Contestando tu pregunta: depende de cómo haya sido diseñada la aplicación en particular, en principio no hay motivos para pensar que una aplicación cualquiera no actuará de igual manera que si le das al botón cerrar de la barra de título pero esto puede no ser así.
En programación hay un truco que se aporvecha de este comportamiento para evitar que el usuario cierre Windows aún si le da a Inicio->Apagar el sistema.

A ver, yo programo en VB6, y al decirme eso ahora tengo un dilema, no se si tu sabes de programacion, pero de todos modos te mando la pregunta:

Si windows manda a mi programa un aviso para que se cierre y mi programa recoge ese aviso ¿tengo que saber que windows se va a cerrar y asi poder terminar la ejecucion de mi programa? y si es asi ¿como hago eso?

Bueno, estamos en una página para programadores, puedes asumir tranquilamente que aquí mas que menos todos somos programadores :)
Contestando a tu pregunta, tú no tienes que hacer nada. El compilador/interprete de VB6 se encarga de poner el código necesario por tí. Para interferir con esto deberías escribir un sub que reciba ese mensaje en particular y actuar en consecuencia. Lamentablemente mis conocimientos de VB6 no llegan para tanto pues no es mi lenguaje (lo mio es Object Pascal/Delphi).