Windows XP - defragmentacion

Hola a todos. En mi maquina tengo dos discos duros, uno es FAT 32 (porque tengo instalado windows 98 se) y en el otro NTFS (Windows XP pro). Quisiera saber si desfragmento los dos discos usando la herramienta en XP o defragmento uno con el XP (el de NTFS) y el otro desde windows 98 (FAT 32).

Gracias por su ayuda.