Windows 95/98 - Problemas con nombres largos

Hola, tengo una computadora con win98, cuando la enciendo entra al promp de DOS, y me pide que ejecute el scanreg porque tiene problemas, la cosa es que el scanreg se traba, el scandisk me dice que tiene problemas con un archivo con nombre largo y que ejecute Scandisk desde Windows, pero no puedo entrar a windows ni siquiera en modo a prueba de fallos!! No puedo formatear la maquina porque la informacion no estaba respaldada.
Alguna sugerencia?
Gracias

La forma técnica de llamar a este proceso se dice "pisar" o sea reinstalarlo sin formatear se entiende??.
Poner el diskette de inicio y el CD de instalación y seguir los pasos, y despues de agregar y quitar programas lo desistalas se entiende?