Windows 2000 - formatear particion

Saludos...
Tengo cierta incertidumbre con respecto a mis particiones y sistemas operativos en disco. Consiste en que tengo un disco en dos partes con winME y win2000 Server, deseo formatear la particion de ME e instalar Win98, sin embargo no tengo modo de simbolos de sistema para formatear y arrancar la instalacion. No se puede formatear desde un cmd de wind ME, pues obviamente WIN esta corriendo en ese momento, y tampoco puedo formatear la parte de ME desde la parte de 2000 server. No puedo bootear desde cd porque el booteo lo tiene apoderado win 2000.

No se que mas?... que hago?

No se puede, pero todo depende de que tipo de particion, tiene en este momento W2000 verifica si es NTFS que eso es lo que hace el W2000
WIN ME maneja FAT32 en fin esto es un camello, lo mejor es que instales de nuevo todo y le dices a W2000 que quieres hacer , el te indicará como..suerte