Windows 2000 - Aplicacion DOS en W2K

Estimados, quisiera saber si ustedes han tenido problema con ejecutar aplicaciones DOS en W2K.
Resulta que una determinada aplicación en DOS resetea W2K, no se por que.
Aguardo comentarios.

Gracias.

segun tengo entendido, para poder ejecutar aplicaciones DOS en windows 2k sin problemas, estas aplicaciones necesitan estar en una partición con sistema de Archivos FAT y no NTFS (nativo de win 2k)