Windows 2000 - Error al formatear para W2000

A ver si alguien me puede ayudar con esto q me ha superado, y desde ya gracias.
Yo tenia instalado Win 98 ,XP y mandrake 9; tenia el lilo mas el de arraque de win.
Tenia 4 particines de Fat 32, y 1 la reconvirtio linux para mandrake.
Habia instalado primero 98 despues xp y luego mandrake
Entonces pense en instalar win 2000 y mandrake.
Puse el disco de 2000 y reinicie.
Cuando el 2000 empiesa con lo de las particiones, todo lo q yo tenia estaba muy desordemado y borre con ese asistente las fat32, pero las de linux(q daba algo como espacio dañado o no reconocible)las intente eliminar y se colgo,y reinicie sin poder formatear.Aclaro q cuando borre 1 me puso algo de q podia contener informacion sobre el inicio o algo asi.
Luego de eso cuando volvio no podia usar el disco.
Lo unico q me dio acceso fue el linux,iniciando con 1 disco de linux puedo llegar hasta el asistente de particiones y ahi intente hacer(sin saber)particiones de NTFS y linux ;cree 2 NTFS y 1 de linux(echa por asignacion autamatica).
Luego me ponia q no sabia como formatear la NTFS
Reinicie y ya pude iniciar desde el cd de win 2000,ahi formatee el espacio entero en 1 particion NTFS y cargo los archivos de win,pero al primer reinicio de la instalacion,cuando deberia continuar no pasa nada.
La ultima vez me puso"Falta NFLDR"
He echo muchas cosas formatear desde el disco de inicio de win98,muchas formateadas en distintos formatos.
Ahora tengo la siguiente situacion:La unica forma q encontre de instalar el win98 fue aciendo 1 format c:/s. Con este formato me reconoce 5000 y algo de mb y puedo instalar el sistema operativo.
Cuando se inicia el ordenador pone el disco q es de 40000 y poquito,y luego algo q dice asi HDD S.M.A.R.T capabilty Disable;lo po

Gracias x tu respuesta e interes pero lo q necesito es 1 solucion.

Mira me parece que se te complico mucho.
Lo que deberias hacer es iniciar el sistema con disco de inicio de win98
y eliminar y volver a crear las particiones que te hagan falta con el Fdisk.

Es lo q he echo. borra todas y crea solo 1 en fat 32 pero en el fdisk me pone el tamaño real(38,5gb)y cuando la formateo me toma 5,5gb.
Ademas de q si no formateo con format c:/s no me funcina el disco.
Con esto me podrias reorientar.
Hay 1 fdisk o algo asi, q pueda crear particiones en NTFS???
Gracias por 1 respuesta coerente.

Si existen algunos programas para hacer lo que quieres. Existe una utileria gratis en maxtor.com que puede particionarte el disco en el tipo de FAT que quieras. O si puedes conseguir el Partition Magic, es algo asi como el FDISK pero con opciones mucho mas avanzadas y claro, soporta particiones NTFS y con el mismo programa las puedes formatear.

No el Fdisk solo ve particiones de Fat16 o 32.
Puedes probar eliminando todas las particiones y dejando el disco duro, despues iniciar la instalacion del Win2000 con booteo desde el Cd, desde el programa de instalacion podes crear particiones y formatear.
Otra es conectar el disco en otra maquina y crear partciones desde el partition magic 7 que es muy poderoso, pero ten mucho cuidado.
Ojo fijate que el setup te detecte bien el disco.

Encontre la solucion:Borre todo con win 2000 y hice 1 particion y la formatee.reinicie con el cd de linux.Con el asistente de formato de linux la redimencine para poner el linux(eso me arreglo el arranque con el lilo)
y luego instale 2000.
El problema x el q me toma 5,5 gb era(a mi entender)q cuando instale linux reconverti el D:(el c era de 5,5 y el e de 22)eso asi q el format no recononociera el espacio particionado para linux(ya me lo ha echo 2 veces)y lo diera como defectuoso(atenti a esto si instalan linux).
Para q no les pase lo q a 1 principiante.
Y GRACIAS x todo.