¿Cómo tienes el juego de caracteres del teclado y la tabla de códigos de Windows?. Tanto en el CHCP de EEUU y LATÍN, el código de la ñ (minúscula) es 0164 y el de la Ñ (mayúscula) es 0165. Como ves son caracteres extendidos del ASCII, o sea ANSI. Si no lo tienes bien configurado, normalmente no funciona.