Visual Basic.NET - Varias bases de datos en una aplicacion

Hola, tengo una base de datos general para varias aplicaciones. A la hora de diseñar una aplicación en concreto, me surge la duda: tomar la base de datos general y crear otra base de datos específica para la aplicación o agrupar las tablas en una sola base de datos??
Hay que tener en cuenta en que entre estas dos bases de datos van a existir relaciones y demás..
Soy principiante en SQL Server y no sé muy bien como abordar el problema.

Saludos y gracias.

Hola,

La primera opcion es la mas comun, sana y normal de hacer las cosas, el hecho de que tengas varias aplicaciones accediendo a la base de datos, no es ningun inconveniente.

La segunda manera es casi dificil, ya que tenes que tener una aplicacion intermedia que valla normalizando los datos entre las dos bases de datos.

Saludos
Christian