Entonces, si quiero hacer una aplicación que se ejecute desde un cd debo utilizar rutas relativas para hacer las referencias a los archivos utilizados?
En ese caso sería lo recomendable.. ya que no sabes cual es la unidad de CD de la máquina cliente... sin embargo, en .NET hay una manera de obtener la ruta (absoluta) de la ubicación de tu ejecutable, esto lo haces a través de la propiedad Application.StartUpPath