No entiendo la pregunta.. si tienes instalado el Visual Studio.Net deberias poder debugear... o no te refieres a ejecutar la aplicación en modo debug sino a otra cosa?
Si, pero el VStudio .Net lo tengo en W2000, no lo pude instalar en W98, por eso quiero debuggear en W98, porque hay errores que en el W2000 no salen y en W98 si