TeX/Latex - Formatos latex

Estoy realizando mi tesis en LaTex y me gustaría que me recomendaran un tipo de documento para presentarlo debido a que "book" y "report" solo marca diferencias hasta las secciones y "article" no diferencía capítulos, gracias

Hola,

Esa modificación la puedes hacer con comandos, mira aquí:
http://foro-c.com/blog/latex-incluir-las-subsubsecciones-en-el-indice-o-subsecciones/
Con los dos comandos que mencionas puedes decir hasta que nivel va la númeración y cuantos niveles mostarr en el índice.

Saludos