Servlets - Problemilla

Hola. Tengo un problemilla: He realizado una aplicacion sencillas con servlets, utilice el JSDK2.0 (servletrunner) pero despues fui a probarlo con el JWS 1.1.3 y no me va. Y es que no se que diferencia puede haber, los servlets estan bien colocados (seguro), aparte de algunos metodos deprecated ya corregidos pero no va. La aplicacion falla cuando hago algo con algun objeto Serializable, pero no siempre, asi q me gustaria saber si con las clases serializables hay que tener algun cuidado especial que yo haya saltado por desconocimiento, alguien me puede ayudar?

Gracias