SQL Server - optimizacion de consultas

Buenas tardes
Tengo una consulta, tengo 2 tablas con su mayoria de campos varchar(50) exportados de archivo plano, con aproximadamente 60 millones de registros y 30 columnas cada una, al hacer cruce (inner join) por varios campos (5) entre dos tablas se toma para hacer un count aproximadamente 20 min. conocen algun proceso que me permita optimizar estas consultas y se tomen menos tiempo?.
Gracias por su colaboración.

¿Has declarado INDICES en tus tablas?

Amigos
Ya creé indices en la tablas y necesito tambien crearlas para las vistas y probando con un count el tiempo mejora (2 min apx) pero cuando hago consultas por campos distintos a los del indice las consultas se pueden tardar hasta 20 min, debo declarar las columnas por las que voy a hacer filtros tambien en el indice?