Python - Problema de guardado de programas

Buenas!
Tengo un problema con el guardado de los programas
Cuando termino un programa y quedó funcional y lo cierro e intento subirlo a la nube o abrirlo de nuevo, me salen versiones anteriores o parte del programa que no es el ultimo cambio que realicé, por lo que queda incompleto.
Cabe resaltar que cada vez que se corre el programa, el mismo pide el "save", por lo que se deberia de ir guardando
¿Alguno sabe a que se debe o como solucionarlo?
Gracias

Hola Josué, que GUI estas utilizando?

Hola, la 3.9

Hola Josué, me refiero a que programa estas utilizando para crear tu código en Python