Python - POO (Programación Orientada a Objetos) vs Programación Estructurada en Python

Buen día amigos.

Antes que nada quiero aclarar que soy nuevo con esto de los foros, así que si llego a escribir algo que sea ofensivo para alguien le pediré que me haga ver mi error y una disculpa sincera, y también soy medio nuevo desarrollando en Python.


Mi actual problema es que necesito desarrollar una aplicación relativamente compleja para titularme, y mis duda principal es que programación debería realizar en Python una Orientada a Objetos o una Estructurada, actalmente tengo problemas realizando programación orientada a objetos con Pydev en Eclipse, hay ocasiones en las que no puedo realizar pruebas unitarias por errores de importación de objetos (from ..Utileria import ModuloN), pero si pruebo el modulo en otra clase, fuera del paquete la funcionalidad es correcta, sé porque ocurre eso, lo que necesito es que me aconsejen, sobre que tipo de programación realizar, que estructura el proyecto debería tener, como implementar el Looger, como cargar las configuraciones desde un archivo .conf, que herramientas utilizar etc. Se los agradecería mucho si me compartieran un poco de su experiencia, GRACIAS les pongo abajo la estructura que tengo pensada.

Nuestra aplicación se divide en módulos y cada modulo tiene la siguiente estructura

Modulo1

Hola Ivan, tu pregunta es un poco genérica, y no se muy bien como ayudarte...

Sobre el archivo de configuración, dependerá de como lo realices... si utilizas funciones de Python, o es simplemente un archivo de texto con clave=valor, [grupo] y #comentarios

Si nos comentas exactamente las dudas que tienes, intentare ir ayudándote.