Proxy - Problemas con el proxy

Tengo un servidor proxy con webmin donde tengo un squid proxy server el cual esta configurado para que tome los grupos de usuarios de AD creados donde dependiendo el grupo son las restricciones que tienen.
El problema principal es que mediante la configuración que tienen los equipos clientes toma la configuracion del proxy pero solo se aplica para cuando navegas por internet explorer y no por google y/o firefox.
Que podría hacer?

Hola Nicolas, no das mucha informacion...

Sistema operativo?
Proxy que estas utilizando?
Donde esta configurado el proxy?

Si el proxy lo instalas en la misma maquina, tienes que indicarlo en el navegador de forma manual... lo suyo es utilizar un proxy transparente en una maquina de la red.