DBEngine.CompactDatabase bd1,bd2
Kill bd1
Name bd2 As bd1
Donde bd1 es el path completo y el nombre de la BD a compactar y bd2 es la ruta y el nombre de la nueva base de datos ya compactada. Luego te cargas la original y renombras la nueva con el nombre original.
tienes que tener cargar la referencia a Microsoft DAO 3.6 Object Library.