PHP - permiso denegado al ejecutar script php

Hola amigo tengo instalado un servidor Centos con el modulo apache y php
y al ejecutar un script que tiene incluido comandos shelle para manipular archivos como cp, cat, echo tenngo el diguiente mensaje de error:

[Wed Jan 24 13:05:11 2007] [error] [client 192.168.1.110] sh: /prueba/xxx.txt: Permission denied

Es cuestion de seguridad. No puedes manipular archivos fuera del directorio virtual. Puedes darle permiso al usuario del script para que tenga permiso para acceder a todo el filesystem pero esto seria un fallo de seguridad. Mejor te creas una carpeta en tu directorio virtual y haces todo...