PHP - Montar db en mysql linux

Hola, tengo la siguiente duda, hice un chat en appserver de windows, todo muy bien, pero ahora que lo voy poner en linux debian, no se donde ni como configuro la db mysql, o mas bien, donde ponga la base de datos mysql.
ahora me sale un error cuando pruebo, mysql y php.
Error: No se puede conectar con la base de datos. Access denied for user 'root'@'localhost' (using password: YES).
que debo hacer.

este es el administrador grafico de linux

http://dev.mysql.com/downloads/administrator/1.1.html

o lo puedes hacer desde la consola