PHP - javascript en php

Necesitaria saber porque no puedo crear un menu hecho en javascript y insertarlo en php y lo ejecuto sobre explorer y si funciona. Sialguien puede darme una mano se lo agradeceria.

bueno...
<?
........
.........
.....
?>
asumimos que en este bloque esta el script
<script language="JavaScript">
</script>
luego seguimos con el codigo php o sea
<?
..
....
...
...
?>

Gracias Morpheus