PHP - checked

Hola de nuevo, tengo un problema en una página de actualización que estoy creando.
A partir de 2 tablas de una BD tengo que dejar seleccionados los check que el usuario tiene en posesión(d 1 tabla) y de la otra tabla se tiene que mostrar los checkbox sin seleccionar que no coincidan con el anterior.Como nota decir que las seleccionadas también están en la segunda tabla pero no quiero que salgan repetidas. Pensaba que tenía una solución trivial(posiblemente la tenga), pero llevo demasiado tiempo invertido en esto y empiezo a agobiarme.
Agradecería mucho vuestra ayuda.

Debes utilizar la opcion checked o selected basicamente:
if ($mi_variable=="Y")
$a="checked";
else
$a="";
echo "<input type="checkbox" $a>";

Mas o menos es asi, espero te sirva la idea
Suerte
Joe