PHP - ¿Es una buena práctica separar los scripts php en carpetas según su función?

¿Es una buena práctica separar los scripts php en carpetas según su función?

Pues por orden es bueno, yo creo que es mejor separarlos por módulos o por las diferentes áreas de tu sistema

Si, si, es mejor que tenerlos todos juntos en una sola carpeta.

Como dice Kathyu, es una buena opción tener los archivos agrupados por áreas o secciones de tu web y las clases, api's, script en diferentes carpetas o carpetas dentro de las secciones.

Depende mucho de cada uno, pero cuanto mas sencillo de encontrar los archivo sea mejor.