PHP - Aleatoriamente graba mal un valor numérico en un TXT

while ($rowItem = mysql_fetch_assoc($itemsFactura)){

	...

	...

	...

	$fileAlicuotas .= substr(str_pad($row["tipo_comprobante"], 3, "0", STR_PAD_LEFT), 0, 3); 		//CAMPO_1 -> Tipo de Comprobante -> cantidad 3 -> de 1 a 3

	$fileAlicuotas .= SEPARADOR_CAMPOS;

	$fileAlicuotas .= substr(str_pad($row["punto_venta"], 5, "0", STR_PAD_LEFT), 0, 5); 			//CAMPO_2 -> Punto de Venta -> cantidad 5 -> de 4 a 8

	$fileAlicuotas .= SEPARADOR_CAMPOS;

	$fileAlicuotas .= substr(str_pad($row["comprobante_desde"], 20, "0", STR_PAD_LEFT), 0, 20); 	//CAMPO_3 -> Comprobante Desde -> cantidad 20 -> de 9 a 28

	$fileAlicuotas .= SEPARADOR_CAMPOS;

	////// Grabo importe gravado sin separador de miles ni punto decimal /////

		$preTotalGravadoAux = number_format($totalesNetosIva[$ultimaAlicuota],2,",",".");

		$preTotalGravado = str_replace(",", "", $preTotalGravadoAux);

		$preTotalGravado = str_replace(".", "", $preTotalGravado);

	$fileAlicuotas .= substr(str_pad($preTotalGravado, 15, "0", STR_PAD_LEFT), 0, 15); 				//CAMPO_4 -> Importe Neto Gravado -> cantidad 15 -> de 29 a 43

	$fileAlicuotas .= SEPARADOR_CAMPOS;

	//-------------------------------------------------------//

		if($preTotalGravado == 0){

			$alicuotaIva = "0003";

		}else{

			$alicuotaIva = $codigosAlicuotasIva[$ultimaAlicuota];

		}

	$fileAlicuotas .= $alicuotaIva;  // substr(str_pad(0, $alicuotaIva, "0", STR_PAD_LEFT), 0, 4); 	//CAMPO_5 -> Codigo de la Alicuota de IVA -> cantidad 4 -> de 44 a 47 /*Codigo de TASA_IVA*/

	$fileAlicuotas .= SEPARADOR_CAMPOS;

	////// Grabo impuesto sin separador de miles ni punto decimal /////

		$preTotalImpLiquidadoAux = number_format($totalesAlicuotasIva[$ultimaAlicuota],2,",",".");

		$preTotalImpLiquidado = str_replace(",", "", $preTotalImpLiquidadoAux);

		$preTotalImpLiquidado = str_replace(".", "", $preTotalImpLiquidado);

	$fileAlicuotas .= substr(str_pad($preTotalImpLiquidado, 15, "0", STR_PAD_LEFT), 0, 15); 		//CAMPO_6 -> Importe del Impuesto Liquidado -> cantidad 15 -> de 48 a 62

	$fileAlicuotas .= SEPARADOR_CAMPOS;

	//-------------------------------------------------------//

	$fileAlicuotas.="\r\n";

	foreach ($totalesNetosIva as $key => $value) {

		$totalesNetosIva[$key] = 0;

	}

	foreach ($totalesAlicuotasIva as $key => $value) {

		$totalesAlicuotasIva[$key] = 0;

	}

}

$fechaExplode = explode("/",$_POST["periodo"]);

file_put_contents($configuracion->getPathDuplicadoDigital().$fechaExplode[1]."-.$fechaExplode[0]."_alicuotas.txt",print_r($fileAlicuotas, true));