PHP - Insertar codigo en archivos PHP

Hola,
tengo que hacer un PlugIn con php que inserte derterminadas lineas de codigo en varios archivos .php a la vez y automaticamente.
Ya que hace muuuucho tiempo que no programo con PHP estoy casi desesperada, pues no tengo ni idea de como empezar.
Agredeceré enormemente sus sugerencias,
Gracias y saludos,
Vilela

p.s toda la información referente a la estructura (arbol) de un PlugIn, como debe ser instalado y la mascara para activarlo ya lo he resuelto a travez de una aplicación.
Lo que necesito es puramente el codigo PHP para programar la(s) funciones requerida(s)

En caso de que mi pregunta no haya quedado clara, el codigo que tengo que insertar son algunas lineas de javascript que pertenecen a su vez a otro plugin.

Tengo un plugin (llamesmole "A")que analiza pasos de compra hechos por un visitante en un Shop, dependiendo de la posicion en la que ha sido insertado en el codigo del shop.

Ya que son muchas las posiciones y paginas y muchos los shops a ser analizados, yo tengo que hacer un plugin que inserte o instale el pluIng "A" en diferentes partes de un shop.

El shop ha sido programado con php.

Por favor, les agradecere sus comentarios o sugerencias.
Vilela