PHP - Consultas

Alguien me podria decir cual... sería la sintaxis... para hacer una consulta con dos bases de datos que se encuentran en el mismo servidor, cuento con el usuario es decir los permisos para acceder a ellos.. Solo que son dos tablas.. que se encuentran en dos bases de datos diferentes

Califica las bases de datos antes del nombre de la tabla en cuestión, por ejemplo

SELECT * FROM `basededatos1`.`tabla1`, `basededatos2`.`tabla2`;

Y ya está.

Para tener un ejemplo más concreto deberías decirnos los nombres concretos y la búsqueda que quieres hacer. SQL permite asignar alias a las tablas de modo que no tengas que escribir todo el path a las tablas concretas.