PHP - Crear zip buscando archivos en subcarpetas

Buenas,
os pongo en situacion:
- Tengo una pagina con un formulario. El usuario marca un serie de checkboxes y se generan unos resultados

concretos que quedan introducidos en un array.
- Esos resultados tienen su correspondiente archivo TXT en el servidor
- La mision es crear un archivo comprimido en zip con los resultados de ese array. Tengo este codigo que me crea

correctamente el archivo a traves del array:

[PHP]
include ('Zip.php');

$zipfile = New Archive_Zip('Resultado.zip');

$zipfile->create($array_resultante);

[/PHP]

- La complicacion esta en que ahora todos los txt los tengo que dividir en subcarpetas. Tengo tambien un un

algoritmo (de los muchos que hay por internet) que me crea una lista en un array con los directorios de mi

servidor. He probado a recorrerlo para que busque los archivos que quiero en cada carpeta pero no encuentro la

manera de que funcione (tarda mucho en cargar y luego solo obtengo una pagina en blanco).

- Resumiendo: necesito crear un archivo comprimido en zip que busque los archivos que tengo en mi array

resultante de la busqueda por todas las subcarpetas del servidor.

Espero que podais ayudarme, gracias de antemano.

Lo subo por si alguien sabe algo.