mmm, mira desde java yo no conozco nada, capaz alguien si y te puede ayudar. Pero lo unico que conozco yo es que desde la clase Runtime podes ejecutar comandos del sistema con exec, si tus maquinas fueran algun tipo de unix podris tirar un "reboot" y eso funcionaria. Pero no se donde lo queres hacer.
Saludos y espero que te sirva para algo.