MySQL - Optimizar query

Hola a todos,

tengo esta query q tarda 100 años en hacerse:

SELECT patent_id,score FROM opt_genes2patents where genfile_id='2' and gene_name='FAS' and patent_id IN (select document_id from opt_sprocess2docs where sprocess_id='2')

se supone q poniendo indices se soluciona? he intentando crear un indice con genfile_id y patent_id pero se queda pillado pq la tabla ya tiene datos..

gracias!