MySQL - mysql lento?????

Hola amigos, he leido sus mensajes y son muy interesantes, yo tengo un pequeño problemita...

tengo 2 tablas, 1 de 600mil reg y otra de 300mil reg, estoy haciendo un query para comparar las 2 tablas, revisando si 5 campos(string) son iguales en ambase y luego (en el mismo query) actualizo el ultimo campo con un 1 si es identico y con 0 si no....

el problema es que lleva mas de 8 dias funcionando y no se si se colgo o todavia esta funcionando.

es un mysql ver. 4.013 y esta corriendo sobre un mandrake 9.2 la pc es bastante grande, es de 2.4ghz con 1gb de ram.

gracias por sus comentarios

No importa el tipo de equipo que tengas, la clave está si estás o no utilizando indices.

Gracias amigo, voy a intentar...

la idea seria crear indices para todos los campos que estoy comparando, no?

Muchas gracias amigo, funciono a la perfeccion... lo agrego aqui, para que todos puedan leerlo.
fue realmente impresionante la mejora, de 3 dias que se tardaba en hacer un query, ahora con los indices adecuados, se tarda no mas de 10min.

muchas gracias
slds