MySQL - Relaciones en MySQL

¿Podría decirme alguien si se puede y cómo establecer las relaciones entre tablas en MySQL, por favor?

Debido a que estoy generando una consulta con varias tablas y establezco las relaciones a través de INNR JOIN en tiempo de consulta pero no funciona (y la sentencia SELECT está bien porque corre perfectamente en ACCESS).

se supone que en cada tabla tienes un atributo q se relacionaria con alguna otra tabla.-
por ej.- si tienes una tabla de clientes esta tendra una atributo nro_cliente, y si tienes otra de facturas esta tendra un atributo nro_cliente tambien para que pueda existir la relacion entre esas tablas "clientes" y "facturas"
entonces en tu consulta harias:

select clientes.nombre, clientes.direccion, facturas.nro_factura, facturas.importe
from clientes, facturas
where clientes.nro_cliente = facturas.nro_cliente

se entiende ?

yo creo que la pregunta se refiere a el diagrama para relacionar como lo tiene acces o sql, el cual le permite controlar reglas de integridad referencial y demas