MySQL - Problema de entradas dobles.

A ver, tengo un problema, mi base de datos tiene una funcion que registra la IP de los usuarios registrados, pero no se por que, en algunos usuarios me crea una doble ip, es decir, en vez de ser
IP=111.11.11.11
me sale
IP=111.11.11.11,22.222.22.22

He intentado borrar la segunda pero cada vez que lo hago, me vuelve a crear la IP doble, que puedo hacer?

¿Qué puedes hacer?
Simple: Revisa toda la codificación, porque MySQL no guarda nada que no reciba.
El problema no lo tiene MySQL, sino la construcción del INSERT en la aplicación. Obviamente hay algo mal hecho.
Si lo que tienes es una función almacenada o un SP, que realiza la tarea, entonces ´postea el cuerpo del código del SP respectivo.

La cuestion es que si hubiese algo mal en el insert, serian todas las IP, pero solo pasa a unas 50 entradas, y por mas que se las corrijo, se vuelven a duplicar

Me suena a un error tipico de programacion basica, muchas veces la memoria queda con basura o informacion vieja, con lo cual,quisas tengas que revisar el codigo fuente de tu aplicacion y ver si estas iniciallizando ,liberando y limpiando correctamente la memoria(variables) y por otro lado supongo que con un simple control podes detectar en que momento se inserta estos datos erroneos.

SAludos.

Debuggea, hombre, debuggea.
Como te dice martin, y ya te dije yo, es algún problema de programación.
MySQL no puede fabricar datos malos. Sólo puede manejar lo que recibe, por lo que la única forma en que esté guardando mal es porque se lo estás enviando mal.
No le des mas vueltas, y debuggea tu aplicación, y si no me crees, haz una prueba de escritorio y verás. En alguna parte estás poniendo algo que no debe ser.