MySQL - Lentitud en consulta de mysql

Hola a todos. Soy nuevo usando Mysql. He oido hablar mucho de el pero hasta ahora no lo habia usado. Yo tenia varias bases de datos en ACCESS pero en la empresa donde trabajo decidieron migrar todas las PC a Ubuntu y por lo tanto adios al ACCESS. Entonces decidi migrar todas las BD a MYSQL que radica en un servidor CentOS, pero ahi es donde viene en problema. Resulta que a la hora de realizar una consulta el resultado se demora aproximadamente 4 horas la consulta es:

SELECT SIPREC.NUMERO,SIPREC.OFICINA,SIPREC.SECTOR,FACTURACION.SERVICIO
FROM SIPREC left outer join FACTURACION on SIPREC.NUMERO=FACTURACION.SERVICIO
Where FACTURACION.SERVICIO is null

Debo Aclarar que la Tabla SIPREC tiene casi 80 000 tuplas y Facturacion poco mas de 75 000.
Gracias de antemano

Hola Michel, la verdad, es que son muy pocos registros, yo te diría que no debería de tardar casi nada...
Nosotros movemos consultas sobre 80 millones de registros y no nos tarda tanto.
Que índices tienes puestos en las tablas?

Le puse indice FULL TEXT a los campos servicio y numero de las tablas Factuacion y SIPREC respectivamente. Estos son tipos de datos Tinytext

Los índices FULLTEXT no se usan en forma implícita. Se usan para consultas de búsqueda por relevancia, por medio de MATCH(...) AGAINST(...), por lo que a menos que invoques ese tipo de búsqueda , tenerlos no causará impacto en la performance de la consulta.
Presumo que en realidad deberías usar otro tipo de índices para tu caso.

El problema es que tengo que hacer la búsqueda por esos campos y los índices Unique y Normal no me funcionan para tipos de datos tinytext

Entonces postea la verdaera consulta, porque en la que pones de ejemplo no estás usando MATCH...AGAINST, que es la única para la que los FULLTEXT sirven.