MySQL - Problemas con mysql

Hola a todos tengo la siguiente duda.
instale mysql en win98 no tengo problemas cuando uso el edito de comandos , pero cuando trtato de insertar o actualizar a traves de una pagina web con php los datos no se ven reflejados en la base de datos solo crea una especie de indice.
hay que configurar el mysql de alguna forma especial para que funcione con web.....de ante mano muchas gracias