MySQL - Varias tablas o varias BD??

Hola amigos....
Desde su punto de vista y con bases, que es mas conveniente.....
Si tengo un sistema que esta compuestos por subsitemas ¿Tener distintas BD por cada sub sistema, con sus respectivas tablas? o tener una BD con todas las tablas de los subsistemas diferenciadas por nombres descriptivos??

Que es mas conveniente y por que???

Saludos

El tema es imposible de precisar sin una descripción completa del modelo de sistema de que se trata. No hay una definición absoluta y depende de la implementación que se esté realizando.
Con esto quiero decir que no existe una regla: Existen implementaciones para cada sistema. Lo que en un caso sirve, en otro no.
Pero en términos generales, una forma de verlo es la interacción de los subsistemas:
Tener varias bases de datos implica, en principio, tener subsistemas que no comparten información, que la comparten off-line, o al menos que la comparten en forma histórica.
Si tienes susbsistemas de alta integración, es muy posible (no seguro) que usen una sola base.