MySQL - problema con innodb

lo que pasa es que estoy usando phpmyadmin 2.9.0.2 que tiene el mysql 5.0.24 bueno esta version de mysql posee el motor de almacenamiento myisam para las tablas esto provoca que no se pueda generar integridad referencial entre ellas. por lo que segun he investigado necesito convertirlas a tablas innoDB. Y ya lo intente usando codigos en mysql. pero no se convierte usé: alter table nombre_tabla type=innodb, engine=innodb, pero no funciona y me sale esto
El ' InnoDB' la característica es lisiada; usted necesita MySQL construido con ' InnoDB' para tenerlo el trabajar
cuando trato de convertir las tablas de manera directa que puedo hacer???

Initente con default-storage-engine=INNODB en my.ini

sera que pueda explicarme mas tengo un archivo que se llama my es de configuracion que hago con el???
y tengo otro que se llama my -innodb-heavy-4g no se en donde tengo que configurar o que cambiar??
por fa seria de mucha ayuda su explicacion.

1) desde phpmyadmin ejecutas show engines y ves que motores de almacenamiento esta disponible

2) La forma mas facil es instalar el mysqladministrator (lo descargas desde la pagina de mysql) en forma (de forma que sea localhost) para poder activar o inactivar casi cualquier funcionalidad.

3) Si no tienes mysqladministrator y la maquina es de windows debe ser algo como c:/archivos de programas/mysql/mysql server 5.0/ hay debe haber un my.ini solo buscas skip-innodb y cambialo a #skip-innodb

4) si tienes linux por ejemplo basado en debia/ubuntu etc, debes tener el archivo en /etc/mysql claro hay puede ser my.cnf o my.ini (no los dos) y haz la misma operacion sobre skip-innodb

5) lee http://dev.mysql.com/doc/refman/5.0/es/innodb-configuration.html aqui ves todo sobre la configuracion de innodb

Saludos