Ms-Dos - FAT MS-DOS

1) Es cierto que cada subdirectorio tiene su FAT correspondiente

2) Porque los clusters almacenan un número de sectore en base 2, o sea 1,2,4,8,...?

Bueno hasta donde se FAT es el sistema de archivos asi que la FAT es la misma para todos los subdirectorios.
La segunda no la entedi, podrias explicarte mejor...?

No la FAT es la misma para todo el disco, lo que que si hay es un espacio reservado y limitado para el directorio RAIZ y para cada subdirectorio crea un fichero especial con atributo de directorio.

La respuesta a la segunda pregunta esta relacionada en la forma de almacenar la informacio en byts, el cual solo tiene dos valores 0 y 1 lo cual da como resultados que el tamaño de los sectores sea una potencia de 2

si tuvieras un disco que está dividido en particiones entonces sí, cada una de esas particiones tiene su propia FAT, de manera que en una de las particiones puedes tener la FAT16 para el Ms-Dos puro y en otras particiones FAT32 si quieres tenerle instalado wl windows98, etcetera.