PHP - problema con Post

Cuando trato de cargar un archivo muy pesado, pasa un tiempo y cuando me entregea resultado he perdido los valores de mis variables Post que vienen del formulario, si el archivo es liviano y pasa poco tiempo no pierdo los valores, ¿como podria solucionar esto?

de antemano gracias

La verdad es que nunca me ha pasado. ¿Podrías poner una prueba de concepto para poder reproducir el problema?, aporta solo los datos relevante (no nos zampes 500 líneas de código que no tiene nada que ver con el problema), reduce el código a lo mínimo necesario para poder ver el comportamiento que describes.

//proyecto
$pro_id=$_POST["pro_id"];

//documento adquisicion
$adq_id=$_POST["adq_id"];

//documento 36
$far_id=$_POST["far_id"];

include("guardar_archivo.php"); // se sube el documento

//pagina
$pagina=$_POST["pagina"];
$pagina= $pagina . "?pro_id=" . $pro_id . "&adq_id=" . $adq_id ;
echo $pagina;

si pasa mucho tiempo, el archivo es muy pesado:

?pro_id=&adq_id=

si no:
documentos36.php?pro_id=123&adq_id=156
esto esta bien

no se porque pierdo los valores de las variables,intente con sesion y nada

el php.ini esta asi:

>> Max_execution_time= 600
>> max_input_time= 600
>> memory_limit= 128m
>> post_max_size= 12m
>> upload_max_filesize= 12m

no se si falta algo, ademas a veces me sale el siguiente error:

Maximum execution time of 30 seconds exceeded .......

Sube max_execution_time a 1200 y max_input_time a 1200 también.