Matlab - comparar fechas en dos archivos

Hola,

Necesito hacer un calculo de la distancia entre dos dispositivos que se mueven a la deriva por el oceano. Para poder calcular la distancia con precision necesito saber donde estan ambos en un mismo tiempo (con un margen de error de 6 minutos).

He pasado la fecha (con horas minutos y segundos) a dia juliano mediante el comando datenum, pero no termino de resolver el siguiente paso que consistiria en identificar los tiempos iguales. Para encontrar los que son iguales se me ha ocurrido utilizar un comando del tipo
if abs(t1(i)-t2(j))<=0.005
hacer el calculo de la distancia
pero no se como decirle al programa que en caso contrario vaya a la siguiente linea y luego siga desde ahi, es decir, que el bucle continue desde t1(i) y t2(j+1) o desde t1(i+1) y t2(j)

Cualquier orientacion sera bienvenida.

Muchas gracias!

Prueba con las sentencias:
for i=1:length(t2);[mint,pos(i)]=min(abs(t1-ts(i)));end
%el vector pos(i) te informa de las posiciones de vector t1 mas proximas a t2
%de modo que t1(pos(1:length(t2))) se correspondera con t2.
Un saludo

Hola al final lo consegui resolver utilizando una ligera modificacion de lo que proponias, muchas gracias!!!

Saludos