Matlab - De vida o muerte

Estoy terminando el proyecto fin de carrera de teleko, y el problema que tengo es demasio complejo como para explicarlo aquí. Llevo un mes entero intentando programar algo parecido a la Transformada de Fourier, pero no doy con la solución.Si te gusta la programación y tienes tiempo te lo agradecería eternamente que me echaras una mano.

La función de matlab que hace la trasformada de Fourier es fft.
Hay que tener en cuenta que no muestra bien las muestras espectrales y hay que hacer un fftshift para darle la vuelta a los datos obtenidos