Matlab - Correr simultaneamente o seguidamente dos mains

Estoy haciendo un programa que quiero correr varias veces donde cambian pequeñas cosas de cada uno. Por lo tanto tengo dos carpetas con las diferentes versiones del programa en cada carpeta. Las funciones y el main tienen el mismo nombre. Me gustaria poder correr este programa seguido para que funcione por la noche puesto que dura mucho. Como puedo llamar al segundo main (el que esta en la segunda carpeta), desde el primer main para que al acabar de correr el primero empiece directamente el segundo?