Matlab - Rellenar matriz con nan MATLAB

Hola..
hace un rato que no programo en matlab y tengo la siguiente duda..
tengo una matriz de 306x14

mas o menos asi...

1 44 -36 -77 36 1 54764 54561 54651 654651 545 16
1 44 -36 -77 36 2 24545 52451 54512 245651 545 16
1 44 -36 -77 36 3 54564 53465 15465 154652 154 45
1 44 -36 -77 36 3 54564 53465 15465 154652 154 45
2 45 -36 -77 36 1 54564 53465 15465 154652 154 45
2 45 -36 -77 36 2 54564 53465 15465 154652 154 45
2 45 -36 -77 36 3 54564 53465 15465 154652 154 45
2 45 -36 -77 36 4 54564 53465 15465 154652 154 45
3 46 -36 -77 36 1 54564 53465 15465 154652 154 45
3 46 -36 -77 36 2 54564 53465 15465 154652 154 45
3 46 -36 -77 36 3 54564 53465 15465 154652 154 45
3 46 -36 -77 36 4 54564 53465 15465 154652 154 45
3 46 -36 -77 36 5 54564 53465 15465 154652 154 45


es solo un ejemplo. la primera columna corresponde al numero de estación.(hay de la 1-18 y se repite dos veces)
la segunda al numero de medicion 44:84 (faltan como dos entremedio)
la tercera cuarta y quinta a indicadores
la sexta (importante) profundidad...
y de ahi en adelante las columnas son valores temp, salinida, presion, etc.


el asunto es.. que necesito separar las matrices para hacer graficos.

necesito por ejemplo

LAT PROF Tem_44 Temp_45 Temp_46 ... ..... ....... etc
-73 1 16 17 14
-73 2 15 18 13
-73 3 nan 14 12
-73 4 nan 16 10
-73 5 nan 18 nan
-73 6 nan 15 nan
-73 7 nan 14 nan
-73 8 nan 17 nan
.
.
-73 13 nan 13 nan
-73 14 nan 15 nan


como no todas las estaciones tienen la misma profundidad no me deja hacer la matriz para el grafico. tengo que rellenar de 1 a 14 (PROF MAXIMA).

No se si se entiende...

Saludos